La RISA, o analisi della sequenza intergenica ribosomiale, è utilizzata nell’analisi di diversi tipi di microrganismi. Si usa per confrontare colture batteriche che si distinguono per il tipo di ambiente in cui vivono o per il metodo di trattamento. È un metodo che funziona senza pregiudizi negli approcci dipendenti dalle colture. È noto anche come “impronta digitale della comunità”.
La tecnica RISA si basa sull’amplificazione PCR della regione dell’operone del gene rRNA situata tra le subunità ribosomiali piccole (16s) e grandi (23s). Si tratta della cosiddetta regione dello spaziatore intergenico (ISR). Utilizzando primer oligonucleotidici mirati alle regioni conservate del 16S e del 23S, possiamo generare frammenti RISA dalla maggior parte dei geni batterici dominanti in un campione ambientale.
A differenza della maggior parte dell’operone rRNA, che ha una funzione strutturale, i frammenti RISA possono codificare tRNA a seconda della specie batterica. Tuttavia, il valore tassonomico dei RISA risiede nell’eccessiva eterogeneità della lunghezza e della sequenza nucleotidica.
In RISA, sfruttiamo l’eterogeneità della lunghezza degli ISR, che è stato dimostrato essere compresa tra 150 e 1500 bp.
Il prodotto ottenuto dalla PCR è una miscela di frammenti forniti da diversi individui dominanti di una specie. Questo prodotto viene quindi sottoposto a elettroforesi su gel di poliacrilammide e il DNA viene visualizzato dopo la colorazione.
Il risultato dell’elettroforesi è un complesso schema di bande che fornisce un profilo specie-specifico, dove ogni banda di DNA corrisponde alla popolazione batterica corrispondente.
La tecnica delle impronte digitali è una tecnica di laboratorio utilizzata per determinare la probabilità dell’identità di una persona in base alle sequenze nucleotidiche di alcune regioni del DNA umano che sono uniche per gli individui. Il campionamento del DNA viene utilizzato in diverse situazioni, quali indagini penali, altri scopi forensi e test di paternità. In queste situazioni, si cerca una corrispondenza tra due campioni di DNA.
L’uso di tecniche di impronte digitali offre la possibilità di valutare la presenza di differenze tra le popolazioni microbiche, ma non fornisce una determinazione diretta dell’appartenenza tassonomica.
Con RISA, possiamo identificare Enterococcus cecorum. Appartiene al gruppo dei patogeni opportunisti e può svolgere un ruolo di agente eziologico di malattie nell’uomo (soprattutto infezioni nosocomiali), nei polli e nei piccioni. Recentemente, questo batterio sembra essere una minaccia per l’industria avicola mondiale. L’infezione da questo batterio nei polli può causare setticemia, endocardite o, in casi gravi, necrosi cerebrale ed encefalomalacia.
Il batterio attacca raramente il corpo umano, ma ci sono casi di infezione della placca dell’ernia post-operatoria e di colonizzazione del tratto urinario.
